本发明涉及霍山石斛叶绿体基因组及利用其对霍山石斛近缘物种的种质鉴定方法。霍山石斛叶绿体基因组序列为：Seq?ID?NO.1。基于霍山石斛叶绿体基因组对其与近缘物种的鉴定方法主要步骤为：霍山石斛及其近缘物种的DNA提取，利用基于霍山石斛叶绿体基因组特异性片段设计的引物A，B进行PCR扩增，此PCR扩增可以特异性扩增出霍山石斛叶绿体基因序列，具有快速鉴别霍山石斛的特点。